Pelaksanaannya di koordinasikan oleh Direktorat Jenderal Kelautan, Pesisir dan Pulau–Pulau Kecil. Hal  tersebut dikatakan Dian Retno Wahyudi SE MSi dari CV Karya Mandiri Sejahtera Konsulting, dalam acara Lokakarya PNPM Mandiri KP Kabupaten Purworejo tahun 2009, di aula RM Puri Pertiwi (14/12). Lokakarya diikuti oleh 50 peserta yang  berasal dari  lingkup dinas 2 orang, kecamatan 1 orang, penerima BLM 36 orang, tim pemberdayaan masyarakat 5 orang, tim evaluasi 4 orang dan dari TPD 2 orang.
              Lebih lanjut Dian menjelaskan bahwa kegiatan-kegiatan yang dirancang dalam PNPM-KP, bertujuan untuk meningkatkan kesejahteraan dan kesempatan kerja masyarakat kelautan dan perikanan miskin. Seluruh tahapan pelaksanaannya berbasis pemberdayaan masyarakat untuk menciptakan dan meningkatkan kapasitas masyarakat dalam melaksanakan proses pembangunan dari, oleh, dan untuk masyarakat dengan menempatkan  masyarakat sebagai subyek, bukan sebagai obyek pembangunan.